Jabatan  Penuntut  Malaysia  Kaherah (JPMK)  diwujudkan  pada  tahun  1980  di bawah  pentadbiran  Bahagian Pengurusan Pendidikan Luar Negara, Jabatan Pendidikan  Tinggi  Kementerian  Pendidikan Malaysia.  Sebelumnya,  urusan  hal    ehwal pelajar  dikendalikan  oleh  seorang    Atase Pendidikan di bawah Kedutaan Besar Malaysia Kaherah Mesir semenjak tahun 1964.

Kini,  JPMK  terletak  di  bawah  Bahagian  Hal Ehwal  Pengurusan  Pembangunan  Pelajar (BHEPP),  Jabatan  Pengajian  Tinggi  (JPT) Kementerian  Pengajian  Tinggi  Malaysia, sebagai  sebuah  organisasi  untuk  memberi perkhidmatan  dan  membangunkan kecemerlangan  akademik  dan  sahsiah  pelajar Malaysia di Mesir.

Pada  tahun  2003,  JPMK  telah  menubuhkan satu  cawangan  di  Iskandariah  untuk menjaga kebajikan  pelajar  di  sana  yang  semakin bertambah. Pejabat JPMK terletak di Tingkat 1, Bangunan  Kedutaan  Besar Malaysia Mesir  di alamat  21 Al-A’nab  Street, Mohandisein Giza. Manakala  pejabat  JPMK  cawangan Iskandariah  terletak  di  25,  Sidi  Kamal  Street, Mandara, Iskandariah.